研究業績
原著論文
- Iwata K, Shimizu T, Sakai Y, Furuya T, Fukumura H, Kondo Y, Masuda T, Ishizaki K, Fukaki H*.
Evolutionary conserved RLF, a cytochrome b5-like heme-binding protein, regulates organ development in Marchantia polymorpha
New Phytologist. In press
- Chen Y, Nishimura K, Tokizawa M, Yamamoto YY, Oka Y, Matsushita T, Hanada K, Shirai K, Mano S, Shimizu T, Masuda T*.
Alternative localization of HEME OXYGENASE 1 in plant cells regulates cytosolic heme catabolism
Plant Physiol. 195(4):2937-2951 (2024) 10.1093/plphys/kiae288
- Shimizu T, Kondo T*.
Translation enhancement by a short nucleotide insertion at 5′UTR: Application to an in vitro cell-free system and a photosynthetic bacterium
Applied Microbiology. 3(3): 687-697 (2023) 10.3390/applmicrobiol3030047
- Shimizu T*, Hashimoto M, Masuda T.
Thioredoxin-2 regulates SqrR-mediated polysulfide-responsive transcription via reduction of a polysulfide link in SqrR
Antioxidants. 12(3): 699. (2023) 10.3390/antiox12030699
- Shimizu T*, Ida T, Antelo GT, Ihara Y, Fakhoury JN, Masuda S, Giedroc DP, Akaike T, Capdevila DA, Masuda T.
Polysulfide metabolizing enzymes influence SqrR-mediated sulfide-induced transcription by impacting intracellular polysulfide dynamics
PNAS Nexus. 2(3): pgad048. (2023) 10.1093/pnasnexus/pgad048
- Balasubramanian R, Hori K, Shimizu T, Kasamatsu S, Okamura K, Tanaka K, Ihara H, Masuda S*.
The sulfide-responsive SqrR/BigR homologous regulator YgaV of Escherichia coli controls expression of anaerobic respiratory genes and antibiotic tolerance
Antioxidants. 11(12): 2359. (2022) 10.3390/antiox11122359
- Shimizu T*, Aritoshi T, Beatty JT, Masuda T.
Persulfide-responsive transcription factor SqrR regulates gene transfer and biofilm formation via the metabolic modulation of cyclic di-GMP in Rhodobacter capsulatus
Microorganisms. 10(5): 908. (2022) 10.3390/microorganisms10050908
- Shimizu T*, Hayashi Y, Arai M, McGlynn SE, Masuda T, Masuda S.
Repressor activity of SqrR, a master regulator of persulfide-responsive genes, is regulated by heme coordination
Plant Cell Physiol. 62(1): 100-110. (2021) 10.1093/pcp/pcaa144
- Shimizu T, Yasuda R, Mukai Y, Tanoue R, Shimada T, Imamura S, Tanaka K, Watanabe S, Masuda T*.
Proteomic analysis of heme-binding protein from Arabidopsis thaliana and Cyanidioschyzon merolae
Phil Trans R Soc B. 375(1801):20190488 (2020) 10.1098/rstb.2019.0488
- Shimizu T, Kacprzak SM, Mochizuki N, Nagatani A, Watanabe S, Shimada T, Tanaka K, Hayashi Y, Arai M, Leister D, Okamoto H, Terry MJ, Masuda T*.
The retrograde signaling protein GUN1 regulates tetrapyrrole biosynthesis
Proc Natl Acad Sci U S A 116 (49):24900-24906 (2019) 10.1073/pnas.1911251116
- Shimizu T, Horiguchi K, Hatanaka Y, Masuda S, Shimada K, Matsuura K, Haruta S*.
Nitrite-reducing ability is related to growth inhibition by nitrite in Rhodobacter sphaeroides f. sp. denitrificans
Biosci. Biotech. Biochem. 82(1):148–151 (2018) 10.1080/09168451.2017.1412247
- Shimizu T, Masuda S*.
Characterization of redox-active cysteine residues of persulfide-responsive transcriptional repressor SqrR
Commun. Integr. Biol. 10(4): e1329786 (2017) 10.1080/19420889.2017.1329786
- Shimizu T, Shen J, Fang M, Zhang Y, Hori K, Trinidad JC, Bauer CE, Giedroc DP, Masuda S*.
The sulfide-responsive transcriptional repressor SqrR functions as a master regulator of sulfide-dependent photosynthesis
Proc Natl. Acad. Sci. U S A 114(9):2355–2360 (2017) 10.1073/pnas.1614133114
- Shimizu T, Cheng Z, Matsuura K, Masuda S, Bauer CE*.
Evidence that altered cis element spacing affects PpsR mediated redox control of photosynthesis gene expression in Rubrivivax gelatinosus
PLoS One 10(6): e0128446 (2015) 10.1371/journal.pone.0128446
- Nagashima S, Kamimura A, Shimizu T, Nakamura S, Aono E, SakamotoK, Ichikawa N, Nakazawa H, Sekine M, Yamazaki S, Fujita N, Shimada K, Hanada S, and Nagashima VP K*.
Complete Genome Sequence of Phototrophic Betaproteobacterium Rubrivivax gelatinosus IL144
J. Bacteriol 194 (13); 3541-3542 (2012) 10.1128/JB.00511-12
総説
- Shimizu T, Masuda, T*.
The Role of Tetrapyrrole- and GUN1-Dependent Signaling on Chloroplast Biogenesis
Plants. 10(2): 196. (2021) 10.3390/plants10020196
- Shimizu T*, Masuda S*.
Persulphide-responsive transcriptional regulation and metabolism in bacteria
J. Baiochem. 167(2):125-132 (2019) 10.1093/jb/mvz063
著書
- Kondo T, Shimizu T.
TED: Enhancing Translation Efficiency in Bacterial Expression Systems.
Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) 2844 211-218 2024年
- 基礎生命科学実験
東京大学教養学部基礎生命科学実験編集委員会, 東京大学教養学部
東京大学出版会 2021年2月 (ISBN: 9784130622271)
日本語論文・総説
- 清水隆之「細菌性超硫黄分子センサータンパク質と金属の意外な関連性」月刊「アグリバイオ」7(2);76-80 (2023)
- 清水隆之「細菌における超硫黄分子センシング機構と金属の関係性」月刊「アグリバイオ」6(4);58-62 (2022)
- 清水隆之「細菌における活性硫黄種センシング機構と金属の関係性」月刊「細胞」 54(3);26-28 (2022)
- 清水隆之、増田真二「硫化水素・超硫黄分子のセンシング機構」生化学93(5) 637-642 (2021)
- 清水隆之、増田建「テトラピロールおよびGUN1プラスチドシグナルを介した葉緑体形成」光合成研究 31(1);50-62 (2021)
- 増田真二、清水隆之「システインのポリスルフィド化による硫化水素・活性イオウ分子種の細胞内認識」生物物理 58(3) 163-164 (2018)
- 清水隆之、増田真二「硫化水素依存的に光合成を行う細菌から発見された新規パースルフィド応答性転写因子SqrRを介した遺伝子発現の分子機構」硫酸と工業71(7);7-14（2018）
- 清水隆之、増田真二「硫化水素に応答した遺伝子発現制御」バイオサイエンスとインダストリー 75;516-517 (2017)
- 清水隆之「硫化水素を電子供与体とする電子伝達系遺伝子の発現誘導：転写制御タンパク質SqrRの同定とその硫化水素応答機構」光合成研究 27(1);16-21 (2017)
招待講演
- 清水隆之「紅色細菌をプラットフォームにした超硫黄分子検知機構の研究」第97回日本生化学会 受賞講演、2024年11月
- 清水隆之「紅色光合成細菌をモデルとした超硫黄分子シグナル制御システムの解析」第3回原核光合成生物シンポジウム、2024年3月
- 清水隆之「D＆Iとどう付き合うか」第41回植物生理学会若手の会、2024年3月
- 清水隆之「紅色細菌をモデルとした超硫黄分子によるシグナル伝達機構の分子基盤」日本生化学会シンポジウム、2022年11月
- Takayuki Shimizu “Reactive sulfur species (RSS) metabolizing enzymes influence RSS sensing by impacting intracellular persulfide dynamics in bacteria” 4th International Conference on Persulfide and Sulfur Metabolism in Biology and Medicine, 2022年11月
- 清水隆之「紅色細菌における硫化水素・活性イオウ分子種の応答機構」日本生化学会シンポジウム、2021年11月
- 清水隆之「葉緑体形成の制御に関わる葉緑体から核へのシグナル伝達」日本光合成学会シンポジウム、2020年9月
- 清水隆之「硫化水素による生理活性調節とそのシグナル伝達機構」東京農業大学、2020年5月
- 清水隆之「硫化水素による生理活性調節とそのシグナル伝達機構」静岡大学、2020年2月
- 清水隆之「紅色光合成細菌を用いた環境応答性センサータンパク質の研究」第1回光合成細菌ワークショップ、2016年3月
特許
- 特開2018-121557 活性イオウ分子種に応答して遺伝子発現を制御するタンパク質
増田 真二, 清水 隆之
研究成果の外部発信
